Basis voor het bepalen van de kwaliteit van wetenschappelijk onderzoek is de wetenschappelijke output in de vorm van publicaties in (gerefereerde) tijdschriften, boeken en/of proefschriften. Andere vormen van output zijn bijdragen aan conferenties, ontwerpen, catalogi, machines en apparatuur.
Kenmerkend voor het Nederlandse wetenschappelijk onderzoek is dat het al jaren een hoog niveau heeft en zich kan meten met de wereldtop. Deze kwaliteit geldt voor de volle breedte van het Nederlandse onderzoek. De kwaliteit van de Nederlandse wetenschap wordt op een indirecte manier gemeten op basis van citatiescores. Beoordeling door vakgenoten, zoals de onderzoeksbeoordelingen van het universitaire en para-universitaire onderzoek, is een meer directe manier.